Фамилия Мукаддасхонова — редкий пример, когда русский фамильный суффикс -ов наложился на сложное восточное имя, состоящее из двух частей. Первая часть, «Мукаддас», восходит к арабскому слову «мукаддас» (священный, святой). Вторая часть — «хон» (хан), титул правителя или уважаемого человека в тюркских языках. Таким образом, исходное личное имя или прозвище означало «святой хан» или «хан-святой» — не буквальный титул, а скорее почтительное именование человека, сочетавшего в глазах окружающих религиозное благочестие с социальным весом.

Фамилия образована по модели, типичной для народов Средней Азии и Поволжья, попавших под влияние русской административной системы в XIX–XX веках. К основе «Мукаддасхон» прибавили русский патронимический суффикс -ов, который закрепил фамилию в документах. Встречается она преимущественно в Таджикистане, Узбекистане и среди выходцев из этих регионов в России. Вариант написания через «а» в конце (Мукаддасхонова) указывает на женскую форму, мужская — Мукаддасхонов.

С точки зрения сословной истории, предки носителей фамилии вряд ли принадлежали к высшей аристократии: титул «хон» в составе имени не обязательно означал реальное правление, часто он был частью составного имени или прозвища, даваемого в честь уважаемого человека. Скорее всего, это были представители духовенства, купечества или зажиточных крестьян, чья семья сохранила память о религиозном или общественном авторитете предка.

В ономастических справочниках фамилия не зафиксирована — это говорит о её локальном бытовании. В русском языке она сохраняет ударение на предпоследнем слоге: Мукаддасхо́нова.