Фамилия Муканбетова образована по тюркской модели, где к имени или прозвищу добавлялся аффикс принадлежности, а затем русский патронимический суффикс. В основе лежит мужское имя Муканбет. Это сложносоставное имя, типичное для казахской и других тюркских ономастик: первая часть «Мукан» — диалектный или сокращённый вариант имени Мухаммед (араб. «восхваляемый»), вторая часть «бет» (от «бек», «бий») означает «господин», «князь», «вождь». Таким образом, имя Муканбет можно перевести как «господин Мухаммед» или «князь, следующий за Мухаммедом». Это имя давали в честь пророка, подчёркивая религиозную преданность и знатное положение семьи.

Фамилия закрепилась в женской форме Муканбетова, что означает «дочь или жена Муканбета». Мужской вариант — Муканбетов. Модель образования типична для народов Северного Кавказа, Средней Азии и Поволжья, где после присоединения к Российской империи местные имена русифицировали с помощью суффиксов -ов/-ев. Встречается фамилия преимущественно у казахов, киргизов, башкир и татар, особенно в регионах с компактным проживанием этих народов: в Актюбинской, Костанайской областях Казахстана, в Башкортостане и Оренбургской области России.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где суффикс присоединяли прямо к имени, в фамилии Муканбетова основа сохранила тюркский аффикс принадлежности -бет, который в русском языке превратился в часть корня. Это указывает на то, что фамилия возникла не в среде русского чиновничества, а в среде самих носителей языка, которые при переписи или при получении паспортов записали родовое имя в привычной для себя форме «Муканбетов/а», а не «Муканбеков» или «Мухамбетов».

Родственные фамилии — Муканбаев, Муканбеков, Бекмуханов — имеют ту же смысловую структуру, но с другим порядком частей. Фамилия Муканбетова не относится к дворянским, её носители в прошлом были либо скотоводами-кочевниками, либо сельскими жителями оседлых аулов, где имя передавалось по мужской линии как родовое прозвище.