Фамилия Мукерия — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем этимологическая. Если отбросить версию случайного единичного написания (описки в документах), то наиболее вероятный корень — тюркский или кавказский. Основа «мукер» или «мукер» может восходить к тюркскому «мюкюр» (согнутый, скрюченный) или к имени Мукаррам (араб. «почитаемый», «уважаемый»), которое в просторечии могло сократиться до Мукера. Фамилия образована по грузинской модели с суффиксом -ия, который указывает на принадлежность к роду или местности: «Мукерия» — буквально «из рода Мукера» или «выходец из села Мукери». В Грузии действительно существует село Мукери (регион Имерети), и фамилия могла возникнуть как указание на выходца оттуда, что типично для грузинских фамилий на -ия (ср. Гурия, Кипиани).

Менее вероятна, но возможна связь с абхазским или адыгским корнем, где «мукер» могло быть личным именем или прозвищем. Славянская версия (от слова «мука» или «мученик») маловероятна — суффикс -ия нехарактерен для русской ономастики. Фамилия встречается спорадически на юге России, в Краснодарском крае и в Абхазии, что косвенно подтверждает кавказско-грузинскую версию. В сословном отношении носители могли быть крестьянами или мещанами из западной Грузии, но документальных подтверждений массового дворянства или известных исторических личностей с этой фамилией нет — она остаётся локальной и малочисленной.