Фамилия Мукеев образована от тюркского имени Мукай (варианты — Муки, Мукей). В основе лежит арабское имя Мухаммад, которое в тюркской среде прошло через несколько ступеней сокращения: Мухаммед → Мухаммад → Мукамад → Мукай. Форма Мукай широко бытовала у казахов, татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья. Суффикс -ев указывает на патронимическую модель (чей? — Мукеев, то есть сын Мукая), типичную для русской адаптации тюркских фамилий в XIX веке.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Мука (или Муко) — от диалектного глагола «мукать» (мычать, издавать невнятные звуки) или от слова «мука» в значении «мучение, страдание». Однако эта гипотеза слабая: в русских говорах прозвище Мука встречается редко, а фамилии с суффиксом -еев от таких основ почти не образуются. Тюркское происхождение надёжнее подтверждается географией фамилии: большинство Мукеевых живут в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — именно там пересекались русское и тюркское население.

Фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах и не встречается среди старых московских боярских фамилий. Её носители — в основном выходцы из крестьян или мещан, получившие фамилию при переписях или при переходе от отчества к наследственной фамилии. Сравните с однокоренными фамилиями: Мукаев, Мукин, Муканов — все они ведут происхождение от того же имени Мукай, но с разными суффиксами (-ов, -ин, -ев). Мукеев — один из вариантов, закрепившийся именно в русской письменной традиции.