Фамилия Мукеева образована от мужского имени или прозвища Мукей, а тот, в свою очередь, восходит к тюркскому корню. В основе лежит слово «мука» (или «мук»), которое в разных тюркских языках означает «горе», «страдание», «мучение». Имя-оберег Мукей давали младенцу, чтобы отвести от него настоящие беды: считалось, что злые духи не позарятся на ребёнка с «плохим» именем. Такая практика была широко распространена у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Форма Мукеева — женская, мужской вариант — Мукеев. Поскольку фамилия оканчивается на -ев, она принадлежит к самой массовой группе русских фамилий (так называемые «патронимические» на -ов/-ев). В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, здесь сработал принцип присоединения суффикса к основе, оканчивающейся на согласный или -й.

Географически фамилия Мукеева (и Мукеев) заметно привязана к регионам с татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у русских, но почти всегда — следствие межэтнических браков или обрусения тюркских родов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия фиксируется в основном среди крестьян и мещан, а не дворян, что косвенно подтверждает её народное, а не книжное происхождение.

Редкая деталь, отличающая Мукееву от похожих фамилий: в некоторых говорах ударение падает на первый слог (Му́кеева), хотя литературная норма допускает и вариант на второй (Муке́ева). Это говорит о том, что фамилия долго бытовала в устной традиции, без сильного влияния письменной фиксации. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он происходил из крестьянской или мещанской среды тюркоязычного Поволжья, а значение имени-оберега — «тот, кого минуют страдания» — звучит парадоксально, но именно в этом и состоял замысел.