Фамилия Макеева — женская форма фамилии Макеев, а её основа — мужское имя или прозвище Макей. Чаще всего Макей рассматривают как краткую форму крестильного имени Македоний. Это имя связано с древней страной на Балканском полуострове и буквально означает «выходец из Македонии», а сам топоним переводится с греческого как «высокая земля» или «высокогорный край». Небесным покровителем этого имени считается святой Македоний, сирийский пустынник, живший в конце IV — начале V веков. Двадцать пять лет он скитался по горам Финикии, Киликии и Сирии, а затем обосновался в глубоком рве под открытым небом в Сирийской пустыне, куда к нему приходили за духовной помощью. Церковь чтит его память 24 января.

Существует и альтернативная версия: имя Макей могло быть производной формой от церковного имени Мокий, также греческого происхождения, но со значением «насмешливый». Какая из гипотез вернее — вопрос открытый, но первая, с Македонием, встречается в ономастических работах чаще и считается основной.

Фамилия Макеевых фиксируется в исторических документах с XIX века. В Книге памяти Читинской области упомянут Александр Валерьянович Макеев, родившийся в 1873 году в Нерчинске. В Книге памяти Омской области значится Александр Георгиевич Макеев (род. 1893), служивший в милиции Колчака. Среди известных носителей фамилии — Герой Советского Союза Борис Васильевич Макеев (1918—2001), актёр Юрий Александрович Макеев (род. 1980) и футболист Владимир Васильевич Макеев (род. 1963).