Фамилия Макеенко образована по распространённой в украинской и белорусской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс изначально указывал на родство по отцу: Макеенко — «сын Макея» или «потомок Макея». Встречается она преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России, что типично для фамилий этой словообразовательной группы.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Макей — уменьшительная форма от полного имени Македоний. С греческого языка это имя переводится как «прибывший из Македонии», то есть с Балканского полуострова. В святцах известен преподобный Македоний, подвизавшийся в Сирии: он жил отшельником в пещерах и горах более семидесяти лет, питался толчёным семенем с водой, а под старость — малым количеством хлеба. Прославился даром исцеления, и его имя почиталось в народе, поэтому производные от него формы — Макей, Макейка — нередко давали детям в крестьянской среде.

Есть и другая версия: в акающих говорах основой могло стать имя Мокий, что в переводе с греческого означает «насмешник». Однако, учитывая широкое бытование именно формы Макей в украинской традиции, связь с Македонием выглядит более убедительной. В любом случае, фамилия Макеенко — не от прозвища по ремеслу или внешности, а от личного имени, которое в быту заменило полное церковное.