Фамилия Муходанов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с именем, а с конкретным действием или свойством. Разбираем её по составу: корень «Муходан» и патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («сын Муходана» или «потомок Муходана»). Самая прямая и правдоподобная версия — прозвище Муходан получил человек, промышлявший ловлей мух. В крестьянском быту мухоловство могло быть не столько ремеслом, сколько занятием бедного или неспособного к тяжёлому труду человека: ловил мух для забавы барских детей, для сбора в качестве корма для птиц, или просто получил насмешливое прозвище за назойливость или суетливость.

Вторая версия, менее очевидная, но не лишённая оснований, — тюркское происхождение. В татарском и башкирском языках есть слово «мох» (печать, штамп) и «дан» (слава, известность). В этом случае «Муходан» могло быть составным именем в значении «знаменитый печатью» или «славный своей меткой». Однако фамилия Муходанов не фиксируется в списках распространённых татарских родов, а её окончание на «-ов» — типично русское, что говорит о долгой ассимиляции. Вероятнее всего, мы имеем дело с обрусевшей формой, но исходное значение могло быть совсем не связано с насекомыми.

Географически фамилия тяготеет к Среднему Поволжью и Приуралью — именно в этих регионах, где веками жили рядом русские и тюркские народы, чаще всего встречаются подобные гибридные образования. В метрических книгах XIX века Муходановы — преимущественно государственные крестьяне и мещане, то есть люди податных сословий, без родовых привилегий.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что в русском ономастиконе нет другого распространённого корня «муходан-». Это не вариант фамилии Мухин (от муха) и не родственник Муханову (от имени Мухан). Муходанов стоит особняком, и именно эта редкость — главная зацепка для генеалога: если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка происходят из узкого круга семей, живших на стыке двух культур, и прозвище вашего пращура было настолько ярким, что пережило века.