Фамилия Муховатий звучит непривычно для русского уха, но её механизм прозрачен. Это «говорящая» фамилия с корнем «мух-» и характерным украинским суффиксом «-атий». В украинском языке суффикс «-атий» указывает на обладателя яркого внешнего признака: бородатий (бородатый), носатий (носатый), горбатий (горбатый). Соответственно, Муховатий — это тот, кто похож на муху, или, что вероятнее, человек, которого донимали мухи. Но вторая версия правдоподобнее: прозвище Муха мог получить человек назойливый, суетливый, мелкий, или же тот, кто работал в грязном, полном мух месте (например, на бойне или кожевенном производстве).

Фамилия относится к восточнославянскому пласту, но с явным украинским акцентом. Форма на «-ий» (а не на «-ов» или «-ин») типична для украинской ономастики, хотя в России её могли «обрусить», превратив в Муховатов. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях Украины — Черкасской, Кировоградской, Днепропетровской, а также в приграничных регионах России. В польском языке есть похожая модель (Muchaty), что указывает на давние контакты культур.

Словообразовательная модель здесь простая: прозвище Муха (от насекомого) + суффикс «-оват-» (вариант «-ават-» в украинском произношении) + окончание «-ий». Буквально: «муховатый» — «обильный мухами» или «похожий на муху». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются в контексте прозвищ, данных по внешности или поведению, — это один из древнейших пластов именования.

Если искать социальный контекст, то носители такой фамилии в XVIII–XIX веках скорее всего были крестьянами или казаками. Прозвища с «мушиной» темой не давали дворянам — слишком приземлённо. В реестрах запорожских казаков встречаются прозвища Муха, Мухай, от которых и пошла фамилия.

Есть и редкая версия: корень мог быть не от насекомого, а от диалектного «мухати» — издавать глухой звук, мычать. Но эта гипотеза слабая и не имеет серьёзной поддержки в ономастике. Основное значение — через муху, и это подтверждается живыми говорами, где «муховатый» до сих пор означает «надоедливый» или «грязный».