Фамилия Муховатова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, а мужской вариант «Муховатов» встречается реже. Такое бывает, если в основе фамилии лежит прозвище, записанное на женщину, или если носительница фамилии была главой семьи в момент фиксации. Но по законам русской ономастики мужская форма — Муховатов, и именно её стоит разбирать.

Корень здесь — «муховат». Слово «муховатый» в русских говорах означало «покрытый мухами», «засиженный мухами», а в переносном смысле — «нечистоплотный», «неопрятный». Прозвище Муховатый могли дать человеку неряшливому, либо тому, кто работал с мухами — например, держал пасеку или торговал мушиным ядом (настойкой на мухоморах). Вторая версия, хотя и менее вероятна, связывает фамилию с диалектным «муховать» — «покрывать мохом», «конопатить». Тогда Муховатый — плотник, который законопачивал избы мхом.

Суффикс -ов- в фамилии Муховатов указывает на типичную модель притяжательности: «чей?» — Муховатов, то есть сын или потомок Муховатого. Окончание -а в женском варианте — грамматическое, по правилам русского языка. Фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская: прозвищные фамилии на -ов редко встречались у высших сословий.

Встречается Муховатова в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это подтверждает и география говоров, где слово «муховатый» было в ходу. Встречаются и однокоренные фамилии: Мухов, Мухин, Муханов — но они образованы от разных основ (муха, Мухан — татарское имя), и путать их не стоит.

Таким образом, предки Муховатовых — скорее всего, крестьяне, получившие прозвище из-за бытовой особенности или профессии. Фамилия редкая, но прозрачная по смыслу.