Фамилия Мухтыбекова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Мухтыбеков, образована по восточной, точнее тюрко-персидской, модели. Разберём эту модель: в ней два корня. Первый — «мухты», который чаще всего возводят к арабскому имени «Мухтади» (المُهْتَدِي) — «идущий верным путём», «праведный». Второй корень — «бек» (в русской передаче часто «бек» или «бий») — древний тюркский титул, означающий «господин», «князь», «вождь». Соединившись, эти части дают значение «господин, следующий верным путём» или «праведный бек».

Реже, но встречается версия, что «мухты» — это искажённое «мухтасар» (краткий, сжатый) или местное прозвище, но лингвистически связь с арабским именем Мухтади выглядит убедительнее. Фамилии на «-беков» (и производные от них) характерны для народов, где титул «бек» был широко распространён: казахов, узбеков, азербайджанцев, татар, народов Кавказа. В Российской империи такие фамилии часто фиксировали у представителей знати, старшин и зажиточных крестьян, которые могли получить её по имени предка-основателя рода.

Важная деталь: написание через «ы» («Мухты» вместо «Мухти») — не ошибка, а устойчивая русская транслитерация, где твёрдый звук передаётся буквой «ы». В оригинале (например, в казахском или татарском) произношение может быть мягче. Суффикс «-ова» в женском варианте — чисто русское грамматическое окончание, показывающее принадлежность к роду.

Таким образом, предок носительницы этой фамилии, вероятно, был человеком, носившим имя Мухтади (или прозвище от него) и имевшим статус бека — то есть занимал положение военного или родового лидера. Фамилия не древняя в русском понимании (ей не больше 200 лет, она оформилась в XIX веке при переписях), но она крепко связана с конкретной географией — Средняя Азия, Кавказ или Поволжье. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска по региону.