Фамилия Мукучян — армянская по происхождению, и её разговор стоит начать с суффикса -ян. Это один из самых распространённых патронимических суффиксов в армянской ономастике, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». По модели образования Мукучян — это фамилия, указывающая на происхождение от предка по имени или прозвищу Мукуч.

Основа «Мукуч» — скорее всего, вариант армянского имени или прозвища. В армянском языке есть слово «мук» (մուկ), что значит «мышь». Суффикс -уч часто образует уменьшительные или прозвищные формы. Таким образом, Мукуч могло быть прозвищем человека небольшого роста, юркого или тихого, с намёком на мышиные повадки. В народной среде такие прозвища были обычны: они не носили оскорбительного оттенка, а скорее служили меткой характеристикой внешности или поведения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским или персидским влиянием. В диалектах встречается слово «мукуч» как вариант «мукуш» — «согнутый», «горбатый». Если предок имел такую особенность телосложения, прозвище могло закрепиться за ним и перейти в фамилию.

Географически фамилия Мукучян тяготеет к западным регионам исторической Армении — территории современной Турции (Западная Армения) и областям вокруг озера Ван. После геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру: в России, США, Франции, Ливане. В современной Армении фамилия встречается, но не входит в число самых массовых.

Особенность фамилии в том, что она не происходит от христианского имени (вроде Григорян или Петросян), а от бытового прозвища. Это делает её более редкой среди армянских фамилий, где доминируют патронимы от крестильных имён. Родственные фамилии — Мукучянц (с более старым суффиксом -янц, указывающим на «из рода») и Мукучян, разница только в диалектном произношении.