Фамилия Мукустулистов — один из тех редких случаев, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии и заставляет искать корни в языках Кавказа или Ближнего Востока. Первое, что бросается в глаза, — суффикс «-ист» и окончание «-ов». Модель образования здесь двойная: к основе «Мукустул» прибавили суффикс «-ист» (по аналогии с «гитарист», «баянист», но в значении «человек, связанный с предметом»), а затем — типичный русский фамильный суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Мукустулистов). Такая конструкция встречается нечасто и обычно говорит о том, что фамилию давали в среде, где русское окончание накладывалось на иноязычное прозвище, возможно, через семинарию или канцелярию.

Самая вероятная версия происхождения основы «Мукустул» — тюркская или арабская лексика, попавшая в русский язык через посредничество народов Северного Кавказа. Корень «мукус» или «мукуст» может восходить к арабскому «макус» (пошлина, налог) или к тюркскому «мукуз» (рог, мыс). В таком случае «Мукустул» — прозвище сборщика податей, таможенника или человека, жившего у изгиба реки. Суффикс «-ист» мог означать «специалист по чему-то»: например, «мукустулист» — тот, кто ведал пошлинами. Однако не исключена и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть из искажённого имени или географического названия, например, аула Мукустул в Дагестане.

С точки зрения сословной истории, фамилии с суффиксом «-истов» нередко встречались у духовенства (семинарские фамилии) или у выходцев из южных губерний, где смешивались русские и местные традиции именования. Если Мукустулистов — семинарская фабрикация, то её могли «склеить» из прозвища ученика, которое дали за любовь к каким-то книгам или предметам (например, «Мукустул» как прозвище от латинского или греческого слова, но это уже гадательно). Надёжных данных о массе носителей фамилии нет — она крайне редкая, встречается точечно, что подтверждает её локальное происхождение, возможно, в среде казачества или горских народов, принявших православие.

Таким образом, Мукустулистов — фамилия-загадка, где русская грамматика обернула иноязычную основу, а точное значение «Мукустула» сегодня можно восстановить только гипотетически. Самый правдоподобный путь: прозвище сборщика налогов или человека из места с похожим названием, которое затем «обрусело» через суффикс профессии.