Фамилия Мукусев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит разобрать её по костяку: основа «Мукус» и типичный русский патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Мукусев, то есть сын Мукуса).

Самая вероятная версия отсылает к тюркским языкам. В них слово «мукус» (или близкие по звучанию варианты) могло означать «рог», «угол» или «мыс». В переносном смысле такое прозвище могли дать человеку с упрямым, «рогатым» характером, либо тому, кто жил на краю села, на мысу. В среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья подобные прозвища были обычным делом. Позже, при переходе в русскую среду, фамилию русифицировали, добавив окончание «-ев».

Вторая гипотеза, менее распространённая, связывает фамилию с коми-пермяцким или удмуртским словом «мукыс» — «горький», «кислый». Прозвище могли дать угрюмому или неулыбчивому человеку. Но эта версия слабее: география фамилии Мукусев не указывает на массовое бытование именно в этих регионах.

Словообразовательная модель проста: суффикс «-ев» (а не «-ов») появляется, когда основа оканчивается на мягкий согласный или шипящий. В случае с «Мукус» — на твёрдый «с», поэтому по правилам русской грамматики должна была бы получиться фамилия Мукусов. Но написание через «е» — явный признак того, что фамилия не исконно русская, а адаптированная: скорее всего, в исходном языке (татарском, башкирском) конечный звук произносился мягче, или же при записи в документах XIX века писарь ориентировался на слух и зафиксировал «е» как более естественный вариант для фамилий нерусского происхождения.

Среди носителей фамилии не известно громких исторических фигур, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде. Поиск по архивам показывает, что Мукусевы чаще всего встречаются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — это косвенно подтверждает тюркскую версию. Встречается фамилия и у русских, но её «восточный» корень всё равно выдаёт себя написанием.