Фамилия Мукуева образована от мужского имени или прозвища Мукуй. В основе лежит тюркское слово «муку» — в разных диалектах оно означает «слабый», «хилый» либо «скромный, смиренный». Суффикс -ев указывает на русскую модель фамилий, закрепившуюся в XIX веке: Мукуй → сын Мукуя → Мукуев.

Вероятнее всего, фамилия имеет северокавказские корни. У чеченцев и ингушей имя Мукуй (вариант — Мукъи) встречается как личное, иногда как часть составных имён. В аварском языке «мукь» означает «печать» или «клеймо», что тоже могло стать основой прозвища для человека, ставившего тамги на скот или документы. Спор между этими версиями решается просто: географически фамилия Мукуева чаще всего фиксируется в Чечне, Ингушетии и Дагестане, а не в тюркоязычных регионах, поэтому аварский или вайнахский корень правдоподобнее.

Модель образования типична для русских фамилий, которые давали нерусским народам при документальном учёте. Священники или писцы добавляли суффикс -ев к местному имени по образцу «Иван — Иванов». Так Мукуй стал Мукуевым, а его дочь или жена — Мукуевой. Другие однокоренные фамилии — Мукуев, Мукуй, Мукуа — встречаются реже и указывают на ту же основу без русского суффикса.

Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена: Мукуевы могли быть и крестьянами, и узденями (свободными горцами), и духовными лицами. В дореволюционных переписях фамилия почти не попадается; активное распространение она получила в советское время, когда паспортизация затронула все народы Кавказа.