Фамилия Мукушева обычно звучит как женская форма мужской фамилии Мукушев, и её происхождение связано с тюрко-кавказским пограничьем. Самая устойчивая версия выводит основу от названия села Мукуш в Черкесском районе Кабардино-Балкарии. Если следовать этой логике, родоначальник Мукушевых жил в этом ауле, а его потомки или он сам получили фамилию по месту жительства — такую модель в ономастике называют топонимической.

Название самого села, скорее всего, восходит к черкесскому «мокъа», что переводится как «золотая нить». Вряд ли речь идёт о буквальном промысле: у адыгов такие основы часто становились личными именами или прозвищами. Сравните с известными адыгскими именами: Калашау («городской парень»), Хагур («худой, тощий»), Учужук («сын ставшего на ноги»), Гучешау («сын кузнеца»). На их фоне «золотая нить» выглядит как метафора, указывающая на мастера-златокузнеца, вышивальщицу или человека, ценимого за ремесло.

Суффикс -ев в фамилии указывает на притяжательную форму: Мукушев буквально значит «сын Мукуша» или «из рода Мукуша». Это типовая модель для русскоязычной фиксации фамилий народов Кавказа. Интересно, что в самой Кабардино-Балкарии фамилия чаще встречается в форме Мукушевы, а вариант Мукушева закрепился как общеупотребительный в документах.

Процесс закрепления фамилий у адыгов и балкарцев растянулся на столетия, поэтому назвать точную дату возникновения рода Мукушевых без генеалогического исследования невозможно. Можно лишь утверждать, что фамилия не древнерусская и её корни уходят в горную местность, где топонимы и личные имена тесно переплетались. Женская форма Мукушева, разумеется, появилась позже мужской, когда в русской традиции закрепилось различие по роду.