Фамилия Мукушова — женская форма фамилии Мукушов, и её происхождение стоит искать в тюркских языках. Основа «мукуш» или «мукуш» — это, скорее всего, вариант имени или прозвища, образованного от тюркского корня «мук» (мука, страдание, горе) или «мукуш» (несчастный, бедолага). В некоторых диалектах «мукуш» могло означать «слабый», «хилый» или даже «плакса» — такое прозвище давали ребенку, родившемуся болезненным, или же, по суеверным соображениям, чтобы отвести от него злые силы (назовут плохим — вырастет хорошим). Встречается и версия, что «Мукуш» — это искаженное арабское имя «Мукаддас» (святой), но она менее убедительна фонетически.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе прибавляется русский патронимический суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Мукушов, то есть сын Мукуша). Суффикс -ов характерен для фамилий, возникших в среде, где тюркские корни адаптировались к русской грамматике. Фамилия Мукушов/Мукушова распространена преимущественно среди народов Поволжья и Урала — татар, башкир, чувашей, а также у казахов и киргизов. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у служилых татар и ясачных крестьян, переходивших в православие.

В отличие от многих фамилий, где корень очевиден (кузнец — Кузнецов), здесь прозвище не связано с ремеслом или профессией. Предок носителя фамилии Мукушов, вероятно, был человеком, которого в общине знали по личной черте — склонности к жалобам, болезненности или, напротив, ироничному прозвищу, данному «от обратного». В тюркской ономастике нередки случаи, когда имя-оберег со временем превращалось в фамилию, потеряв первоначальный негативный оттенок.