Фамилия Мукусева — женская форма от Мукусев, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа «Мукус» — это неканоническое личное имя или прозвище. В ономастике такие короткие, на первый взгляд неясные, фамилии часто оказываются производными от тюркских или финно-угорских корней, особенно если учесть, что суффикс -ев указывает на русскую модель образования от иноязычной основы.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «мукус» (варианты: мукыс, мокыш) — в ряде тюркских языков так называли человека с изогнутым, кривым носом или сгорбленную фигуру. Прозвище Мукус мог получить человек с характерной внешностью. Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «мукать» (мычать, издавать нечленораздельные звуки), тогда Мукус — прозвище неразговорчивого или косноязычного человека.

Географически фамилия редкая. Основной ареал — юг Урала и Западная Сибирь, где исторически были сильны тюркские и финно-угорские влияния. В метрических книгах XIX века Мукусевы встречаются среди государственных крестьян Оренбургской губернии и казаков Сибирского казачьего войска. Это указывает на то, что предки могли быть не русскими по происхождению, а обрусевшими башкирами, татарами или коми-пермяками, получившими фамилию по прозвищу при переходе в православие.

Особенность фамилии — её грамматическая прозрачность. Модель «Мукус + ев» — стандартная для русских фамилий от основ на твёрдый согласный, но сама основа настолько редка, что в современных телефонных справочниках Мукусевых насчитываются единицы. Это не случайность: фамилия не попала в массовый реестр дворянских или купеческих родов и осталась локальной, крестьянской.

Если отталкиваться от словаря Б. Унбегауна, фамилии на -ев от тюркских прозвищ — обычное дело для Поволжья и Приуралья. В этом смысле Мукусев стоит в одном ряду с более известными Абдусевым, Кутушевым, Мурашевым. Но если те фамилии имеют прозрачную этимологию (от имён или титулов), то Мукусев держится на описательном прозвище — и это его главная ценность для историка: он сохранил бытовую характеристику человека, жившего несколько веков назад.