Фамилия Мукутов — один из тех случаев, где ясная словообразовательная модель сталкивается с неочевидной основой. Окончание -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Мукутов, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мукут. Вопрос упирается в то, что скрывается за этим «Мукут».

Самая прямая и правдоподобная версия отсылает к тюркским языкам. В них корень «мукут» или близкие к нему формы (например, «мукыт», «мукут») могут означать «упрямый», «настойчивый», «крепкий». В татарском, башкирском или казахском языках такое прозвище мог получить человек с твёрдым характером, которого трудно переубедить. Учитывая, что фамилии с суффиксом -ов на тюркской основе — обычное дело в Поволжье, Приуралье и Сибири, эта гипотеза выглядит наиболее убедительной.

Есть и менее очевидная версия, связанная с арабским или персидским заимствованием. В некоторых тюркских диалектах «мукут» могло быть искажением слова «мукаддат» (святой, освящённый) или «мукит» (окружающий, всеобъемлющий — один из эпитетов Бога в исламе). Но здесь мы вступаем в область предположений: такие имена чаще давали сознательно, а не в виде прозвищ, и они оставляли бы по себе фамилии вроде Мукутов или Мукитов, а не Мукутов. Поэтому эта версия слабее.

Географически фамилия Мукутов встречается негусто, но стабильно фиксируется у татар и башкир, а также у русских, живущих в смешанных с тюркским населением регионах — в Оренбургской, Челябинской областях, в Татарстане. Встречается она и у казахов, хотя там патронимический суффикс -ов не так характерен для исконных фамилий — скорее это влияние русской административной записи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Мукутов стоит в одном ряду с Мукановым, Мукашевым, Мукаевым — все они образованы от имён или прозвищ на «Мук-». Но Мукутов выделяется редким для русского уха сочетанием «кут» на конце основы. В тюркских языках «кут» означает «счастье», «благодать», «душа», и если разложить имя Мукут как «Мук-кут» (крепкое счастье), то это даёт ещё один смысловой слой: предок мог быть человеком, о котором говорили как о носителе удачи или счастливой судьбы.

Таким образом, Мукутов — фамилия с тюркскими корнями, скорее всего прозвищного происхождения, где основа описывала характер или свойство человека. Вариант с «упрямым/настойчивым» — основной, но не исключено, что в конкретном роду прозвище могло быть связано и с пожеланием счастья (кут). Точнее сказать без генеалогического исследования конкретной семьи трудно, но оба значения не противоречат духу тюркской антропонимии.