Фамилия Микутов — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с разговорной формой крестильного имени. В основе лежит имя Михаил (в переводе с древнееврейского «кто как Бог»). В народной среде это имя давало множество производных: Миха, Мика, Микута. Суффикс -ут- в имени Микута — характерный для западнорусских и украинских говоров, где он придавал имени оттенок ласкательности или просторечия (сравните: Иван — Иванюта, Петр — Петрута). Таким образом, Микута — это «маленький Михаил» или попросту «Миша».

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища или мирского имени отца — Микут (усечённая форма от Микута) — с помощью притяжательного суффикса -ов. «Микутов» буквально значило «сын Микута». Такая модель была самой распространённой на Руси для фамилий, возникших из нецерковных имён и прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. Её можно встретить в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на Кубани, куда переселенцы принесли её в XIX веке. Встречаются и варианты написания — Микутов, но в большинстве документов закрепилась форма с буквой «у» после «к».

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ин (Микутин), форма Микутов указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на твёрдый согласный (Микут), а не на -а (Микута). Это может говорить о том, что прозвище бытовало в двух вариантах, и предки носителей фамилии Микутов использовали именно краткую, «мужскую» форму обращения — Микут, а не Микута.