Фамилия Микута образована от аналогичного прозвища, которое восходит к литовскому прилагательному mikutis, что в переводе на русский язык означает «маленький». Вероятно, таким прозвищем нарекли невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, прозвище Микута указывает на внешние особенности предка. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Микуты можно лишь на основании генеалогических исследований.