Фамилия Мулдакиева — женская форма от мужской фамилии Мулдакиев. Её основа восходит к имени или прозвищу Мулдак, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. В языках тюркской группы (казахском, киргизском, башкирском, татарском) слово «мулла» (от арабского «мауля») означает «господин», «учитель», «священнослужитель». Уменьшительно-ласкательный суффикс «-ак» или «-ек» в тюркских именах часто придаёт значение «маленький», «младший» или указывает на сына: Мулдак — буквально «сын муллы» или «маленький мулла». Таким образом, прозвище Мулдак могли дать сыну сельского муллы, ученику медресе или человеку, который помогал при мечети.

Суффикс «-иев» в мужской форме — типичный для русских фамилий тюркского происхождения, он аналогичен русскому «-ов» и означает принадлежность: «чей?» — Мулдакиев, то есть «из рода Мулдака». Окончание «-а» в женском варианте Мулдакиева просто указывает на пол носительницы. Фамилия встречается в основном у народов Северного Кавказа и Поволжья, особенно у карачаевцев, балкарцев, кумыков и ногайцев, где исламская культура и тюркские языки тесно переплетены.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа «мулдак» может быть связана с тюркским глаголом «мулдау» — «бормотать», «говорить невнятно». Тогда прозвище дали человеку с неразборчивой речью. Но первая версия — от слова «мулла» — поддерживается распространённостью подобных фамилий (Муллаев, Муллакаев, Муллабаев) и тем, что суффикс «-ак» в тюркских прозвищах чаще указывает на профессию или статус отца, а не на физический недостаток.

В дореволюционной России носители фамилии Мулдакиевы относились к сословию государственных крестьян или казаков — муллы и их дети часто получали земельные наделы и не были крепостными. Сейчас фамилия редкая, но её можно встретить в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии и среди диаспор из этих регионов.