Фамилия Мулдакаев — яркий представитель тюркского ономастического пласта, распространённого среди башкир, татар и других народов Урало-Поволжья. Её основа — личное мужское имя Мулдакай, которое, в свою очередь, восходит к арабскому слову «мулла» (от араб. مَوْلَى — господин, владыка, позже — духовное лицо, учитель). Уменьшительно-ласкательный формант -кай (или -кәй) характерен для башкирской и татарской антропонимии: он придаёт имени оттенок близости, уважения или указывает на младшего родственника. Таким образом, Мулдакай — это «маленький мулла», «сын муллы» или почтительное прозвище мальчика из семьи служителей культа.

Модель образования фамилии проста и типична для русского делопроизводства XIX века: к основе Мулдакай добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). В документах, метриках и ревизских сказках запись «Мулдакаев» фиксировала, чей ты сын: буквально «из рода Мулдакая». В отличие от многих русских фамилий, где суффикс присоединяли к прозвищу или профессии, здесь он закрепился за именем, что говорит о сохранении доисламского или раннеисламского именника в крестьянской среде.

Географически фамилия плотнее всего привязана к южным и восточным районам Башкортостана, а также к Оренбуржью и Челябинской области. Встречается она и у казахов (в форме Мұлдақаев), но у них имя Мулдакай менее распространено, чем среди башкир. Интересно, что в дореволюционных источниках можно встретить варианты написания — Мулдакаевъ, Мулдакеев, а иногда и с удвоенной «л» (Муллакаев), что отражает колебания в передаче арабизмов на письме.

О сословной принадлежности первых Мулдакаевых говорить сложно: в башкирской среде духовенство не было замкнутым сословием, и муллой мог стать грамотный крестьянин. Скорее всего, предок носителя фамилии не был профессиональным священнослужителем высокого ранга, а просто получил прозвище за набожность, знание Корана или обучение детей. В любом случае, корень фамилии указывает на связь с исламской традицией и грамотностью, что для кочевого и полукочевого населения Урала было признаком уважаемого статуса.