Фамилия Мулдуянов — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, а не к общим местам. Скорее всего, она образована от тюркского прозвища или имени, которое затем «обрусело» с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов. Основа «Мулдуян» или «Мулдуй» не входит в число распространённых тюркских имён, но её можно разложить на две части: «мул» (от арабского «мавла» — господин, владыка, или «мулла» — служитель культа) и «дуян» (от тюркского «дуй» — чувство, ощущение, или «туй» — свадьба, пир). В таком случае прозвище могло означать «чувствительный мулла», «господин чувств» или даже «свадебный мулла» (тот, кто проводит обряд). Однако более вероятна версия, что «Мулдуян» — это искажённая форма тюркского имени «Мулла-Дуян» или «Мулла-Туй», где вторая часть со временем редуцировалась.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и русские традиции: Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Южный Урал или Оренбуржье. В этих местах фамилии на -ов нередко давали татарам и башкирам при переходе в православие или при оформлении документов в XIX веке. Суффикс -ов указывает на то, что предок носителя фамилии был известен как «Мулдуян» — то есть сын или потомок человека с таким прозвищем. Если бы фамилия осталась чисто тюркской, она звучала бы как «Мулдуянов» без окончания, но русская административная машина «подогнала» её под стандарт.

В отличие от фамилий на -ин или -ский, модель на -ов здесь не говорит о сословной принадлежности: её могли получить и крестьяне, и служилые люди из тюркской среды. Интересно, что в фамилии сохранился редкий для русского уха звуковой переход «у» в «ю» (Мулдуян, а не Мулдуян), что может быть диалектной чертой или следствием записи фамилии на слух чиновником, не знакомым с тюркской фонетикой. Других однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет — это делает Мулдуяновых уникальным носителем локальной истории.