Фамилия Мулдыкешев звучит непривычно для слуха, привыкшего к славянским окончаниям, и это первый ключ к её происхождению. Она образована по русской патронимической модели (суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мулдыкешев), но основа у неё тюркская. В русском языке фамилии с таким суффиксом обычно возникали, когда исходное имя или прозвище оканчивалось на мягкий согласный или -й: Мулдыкеш → Мулдыкешев.

Основа фамилии — личное имя Мулдыкеш. Это сложносоставное имя, типичное для тюркских народов (особенно башкир, татар, казахов). Первая часть, «мулды», восходит к слову «мулла» — духовное лицо, грамотей, учитель в мусульманской среде. Вторая часть, «кеш», скорее всего, означает «человек» или «лицо» (от тюркского «кеше», «киши»). Таким образом, Мулдыкеш буквально переводится как «человек муллы» или «принадлежащий мулле». Это могло быть прозвищем, данным сыну или ученику муллы, либо же именем-оберегом, подчёркивающим связь с религиозным авторитетом.

География фамилии указывает на регионы с компактным проживанием тюркского населения, где активно шла русификация имён — Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречаемость фамилии невысокая, что типично для поздних образований от редких составных имён. В дореволюционной переписи такие фамилии фиксировали за крестьянами и мещанами из башкирских и татарских деревень. Сословной элиты среди носителей не было: фамилии на -ев от тюркских основ чаще всего получали простые люди при переходе на русскую модель именования в XIX — начале XX века.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий типа Муллакаев или Муллануров, где корень «мулла» соединяется с арабскими компонентами, здесь использован чисто тюркский суффикс «кеш», что делает фамилию редкой и локально привязанной именно к башкирской или казахской среде. Встречаются варианты написания Мулдыкешов (с твёрдым окончанием), но форма на -ев исторически первична и точнее отражает мягкость исходного имени.