Фамилия Мулдыкешева — редкий пример, где географическая привязка оказывается ключом к разгадке, а не просто дополнительным штрихом. Её основа — мужское имя Мулдыкеш, которое почти не встречается за пределами определённого ареала.

Имя Мулдыкеш, скорее всего, тюркского происхождения, причём не самого распространённого. Оно состоит из двух частей: «мулды» и «кеш». Первая часть восходит к слову «мулла» (духовное лицо, учёный), но в диалектах могла звучать как «мулды» с тем же значением. Вторая часть — «кеш» — в ряде тюркских языков (например, в казахском и башкирском) означает «соболь», «куница» или, в переносном смысле, «ловкий», «хитрый», «проворный». Таким образом, имя Мулдыкеш могло означать «учёный, как соболь» или «ловкий мулла» — прозвище, данное человеку за сочетание ума и сноровки.

Фамилия образована по продуктивной тюркской модели: к имени Мулдыкеш добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных). Окончание -а указывает на женскую форму, то есть носительница фамилии — женщина. Мужской вариант — Мулдыкешев. Такая модель типична для русских фамилий, которые давали нерусскому населению в XIX — начале XX века, особенно в Поволжье, Приуралье и Сибири.

Фамилия Мулдыкешева почти наверняка связана с башкирскими или татарскими корнями. В этих регионах и сейчас можно встретить носителей фамилии. Родственные имена и фамилии (Мулдашев, Муллакаев, Кешев) подтверждают, что основа «мулда/мулла» и «кеш» были живыми в народной среде. Предок носительницы фамилии, вероятно, был муллой или уважаемым грамотеем, которого за живость ума и практическую сметку прозвали Мулдыкешем. Если же верить второй версии — что «кеш» здесь просто «соболь», — то прозвище могло указывать на охотника или торговца пушниной, но эта гипотеза слабее: имя Мулдыкеш в документах чаще фиксируется именно как личное, а не как прозвище по занятию.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «ы» после «л»: в русском языке она редка и выдаёт тюркское происхождение. Встречаются варианты Мулдакешева (с «а» в первом слоге), но они менее распространены.