Фамилия Мулишкина — женская форма, а её мужской вариант — Мулишкин. В основе этой не самой распространённой фамилии лежит прозвище или мирское имя, образованное от слова «мулыш», которое в диалектах русского языка (прежде всего в южных и западных говорах) означало «маленький, коротышка», а иногда и «птенец, детёныш». Слово это родственно глаголу «мулиться» — «тереться, жаться» или «смотреть исподлобья»; в некоторых областях так называли упрямого, капризного ребёнка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мулишкин — значит «сын Мулишки». Сама основа «Мулишк-» — это уменьшительно-ласкательная форма от «мул» или «мула» с типичным для русских прозвищ суффиксом -ишк-, который придавал слову оттенок пренебрежения или, наоборот, жалости (ср. «мальчишка», «домишко»). Таким образом, предок, получивший прозвище Мулишка, скорее всего, был невысок ростом или отличался норовистым, «упрямым» характером, как тот самый мул — но в уменьшительном, бытовом смысле.

Встречается фамилия и в других славянских языках, например, в белорусском и украинском, где «муль» или «мулик» могло означать просто «малыш». Это делает фамилию не уникальной, но довольно редкой в России. Из-за суффикса -ишк- фамилия звучит по-простонародному, «деревенски» — такие прозвища давали в крестьянской среде, где прозвище часто вытесняло церковное имя. В списках дворянских родов Мулишкиных нет, что подтверждает её непривилегированное происхождение.

Написание с буквой «ш» перед суффиксом — характерный признак того, что основа оканчивалась на шипящий: Мулишка, а не Мулик. Если бы исходное слово было «Мулик», фамилия звучала бы как Муликов. Эта фонетическая деталь — дополнительная улика, что прозвище было именно с уменьшительно-уничижительным суффиксом, а не с простым -к-.