Фамилия Мулкалиев — редкий случай, когда географический указатель в суффиксе спорит с корнем. Формально перед нами типичная «кавказская» модель: фамилии на -ев характерны для народов Северного Кавказа, особенно для кумыков, ногайцев, чеченцев и ингушей. Основа же — Мулкали — скорее всего, восходит к арабскому имени Мулкали. В арабском это сложное имя: «мулк» (ملك) означает «владение, царство», а «али» (علي) — «высокий, возвышенный». Вместе получается что-то вроде «высокое владение» или «тот, кто владеет возвышенным». Имя редкое, но встречается в мусульманских семьях, особенно в среде, где были сильны традиции арабо-исламской книжности.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «мулка» — так в некоторых диалектах называют вид рыбы (например, в казахском «мұлка» — мелкая рыбёшка). Тогда прозвище Мулкали мог получить рыбак или торговец рыбой. Но эта гипотеза слабее, потому что в тюркских фамилиях на -ев чаще встречаются корни, связанные с профессиями, и тогда фамилия звучала бы как Мулкаев, без вставного -л-. А вот наличие -л- в основе (Мулкали) как раз характерно для арабских имён с элементом «али» (сравните: Али, Гали, Мулкали).

Сама фамилия — отчество второго порядка: Мулкалиев буквально значит «сын Мулкали». Судя по суффиксу -ев, а не -ов, фамилия закрепилась в среде, где после мягких согласных писали именно -ев. Это типично для кумыкских и ногайских фамилий, которые в XIX—XX веках русифицировали, добавляя русские патронимические суффиксы к местным именам.

Встречается фамилия в Дагестане, Чечне и среди ногайцев Ставрополья. Носители — чаще всего потомки людей, получивших имя при рождении, а не прозвище. Социальный состав — крестьяне и горцы, никакого дворянства за этой фамилией не числится. В дореволюционных записях фамилия почти не фигурирует, что говорит о её относительно поздней фиксации в метриках и переписях — скорее всего, в начале XX века.