Фамилия Мульникова, при всей своей внешней простоте, ставит перед исследователем несколько загадок. Её основа — «мульник» — в современном русском языке не встречается, поэтому главное — понять, от какого слова она произошла и какое прозвище дало ей начало.

Вероятнее всего, в основе лежит слово «муль» или «муля». В южнорусских и украинских говорах «мулем» называли губу, а в переносном смысле — обидчивого, капризного или надутого человека. Прозвище Муля или Мульник могли дать тому, кто часто «надувал губы», обижался по пустякам. Вторая версия связывает фамилию с глаголом «мули́ть» — тереть, натирать, а также докучать, надоедать. В таком случае Мульником называли ворчливого, приставучего человека, который «мулит» окружающим. Оба варианта укладываются в традицию давать прозвища по чертам характера.

Суффикс -ник в слове «мульник» указывает на носителя признака или действия, что типично для прозвищ: «мульник» — тот, кто мулит, или тот, кто похож на муля. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов (-а), то есть Мульников — сын или потомок Мульника. Форма Мульникова — женская или принадлежащая к роду Мульниковых.

Стоит отметить, что фамилия эта довольно редкая и, скорее всего, имеет локальное происхождение. Она могла возникнуть на территории, где бытовали соответствующие говоры, — в южных областях России или на Украине. В письменных источниках фамилия не зафиксирована в ранних переписях, что говорит о её позднем оформлении или малой распространённости среди крестьянства до XIX века.

Таким образом, предок современных Мульниковых, по всей видимости, получил прозвище за свой нрав — обидчивый или ворчливый. Фамилия сохранила эту бытовую характеристику, превратив её в родовое имя.