Фамилия Мулохматова — редкий случай, когда почти каждый элемент слова требует оговорки. Сразу скажем: однозначной и общепринятой версии происхождения нет, и любой разбор здесь — реконструкция по косвенным данным. Но именно это и делает фамилию интересной для этимолога.

Основа фамилии — «Мулохмат». Скорее всего, это вариант личного имени или прозвища, образованного от двух корней. Первый — «мулло» (от арабского «мулла», «господин», «учитель»), широко распространённый в тюркских и иранских языках. Второй корень — «хмат» или «ахмат» (арабское «Ахмад» — «достойный похвалы», одно из имён пророка Мухаммеда). Таким образом, «Мулохмат» могло означать «мулла Ахмад» или «господин, носящий имя Ахмат». В быту такие составные имена (например, Мулланур, Муллаяр) не редкость у народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Мулохматова — «дочь (или жена) Мулохмата». Это стандартная русская патронимическая модель, которая закрепилась за фамилиями многих нерусских народов после вхождения их территорий в состав Российской империи. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир, кумыков или других тюркоязычных групп, где имя Муллахмат (или его фонетические варианты) встречается до сих пор.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно сильным влиянием ислама и тюркских языков: Татарстан, Башкортостан, Дагестан, Чечня, а также к диаспорам из этих регионов. Встречается она редко, что говорит о её локальном характере — возможно, она восходит к конкретному роду или селению, где прозвище закрепилось как фамильное.

Социальный контекст тоже показателен. Если верна версия с «муллой», предки носительницы фамилии могли быть людьми духовного звания или просто грамотными, уважаемыми в общине. Мулла в традиционном обществе — не только священнослужитель, но и учитель, судья, хранитель письменной традиции. Фамилия Мулохматова, таким образом, может нести отпечаток интеллектуального или религиозного авторитета предков.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: редкое сочетание арабского корня с русским суффиксом, причём исходное имя сохранилось в усечённой, «обрусевшей» форме. Это типичный пример того, как многонациональная среда Российской империи переплавляла имена в фамилии, сохраняя их звучание, но меняя грамматику.