Фамилия Мулюшкина чаще всего встречается в женском роде, а её мужская форма — Мулюшкин. Это типичная «фамилия-прилагательное» с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мулюшкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Мулюшка.

Основа фамилии — прозвище Мулюшка. Его корень, скорее всего, связан с диалектным словом «муля» или «мулька». В русских говорах «муля» — это ласковое, почти детское обращение к человеку, особенно к ребёнку. В некоторых регионах «мулькой» называли маленького, изнеженного или капризного человека. Возможно, прозвище дали спокойному, домашнему ребёнку — отсюда и уменьшительно-ласкательный суффикс -юшк-, который часто встречается в прозвищах и именах (сравните: Ванюшка, Матюшка). Встречается и версия, что «муля» — это искажённое от имени Емельян (через форму Емуля), но для фамилии Мулюшкина это менее вероятно: прозвищная основа здесь звучит самостоятельнее и органичнее.

Суффикс -ин в фамилии — один из самых распространённых на севере и в центральной России. Он образовывал фамилии от слов, оканчивающихся на -а, -я. Если бы прозвище звучало как Мулюк, фамилия была бы Мулюков. Форма Мулюшкин подсказывает, что исходное прозвище было именно женского или общего рода (Мулюшка), а значит, предок мог быть известен в деревне как «Мулюшка» — человек с мягким, ласковым характером или же, наоборот, с капризным нравом, если прозвище давалось с лёгкой иронией.

Встречается фамилия Мулюшкин/Мулюшкина в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также в некоторых районах Татарстана. Это не случайно: в тюркских языках есть слово «мюлюш» — «слабый, хилый», и пересечение с русским диалектным «муля» могло произойти именно в зоне смешения культур. Но основная версия остаётся славянской: прозвище от ласкового обращения.

Фамилия редкая, не титульная, не дворянская — скорее всего, крестьянского происхождения. Носители фамилии в XIX веке записаны в ревизских сказках как государственные крестьяне, что подтверждает её простонародный, бытовой характер. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это обычная семейная история, уходящая корнями в прозвище, данное далёкому предку за его характер или внешность.