Фамилия Муничкина образована от прозвища или имени Муничка. В основе, скорее всего, лежит древнерусское слово «мунить» — «медлить, мешкать, возиться». Человек, которого прозвали Муничкой, мог отличаться неторопливостью, быть кропотливым или, наоборот, нерасторопным. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «муня» — так в некоторых говорах называли ворчуна или брюзгу.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Муничкина — дочь или жена Мунички. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ на «-а/-я». Встречаются и однокоренные фамилии: Мунин, Муничев. Вариант с «-чкин» (Муничкин, Муничкина) встречается реже, что делает фамилию более локальной — она могла закрепиться в конкретной местности, где прозвище было в ходу.

Версия о происхождении от канонического имени (например, от редкой формы имени Моисей или Мануил) выглядит натянутой: в русской традиции такие имена обычно давали более узнаваемые уменьшительные формы. Поэтому прозвищная основа — самая правдоподобная. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и её носители — люди, чьи предки получили фамилию по бытовой черте характера.