Фамилия Маничкина образована от мужского имени или прозвища Маничка, которое через суффикс -ин закрепилось за потомками его носителя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Маничкин», то есть сын или потомок Манички. Это типичная модель русских фамилий, особенно распространённая в северных и центральных губерниях, где личные имена и прозвища с уменьшительными суффиксами часто становились основой для родовых прозваний.

Корень «Ман-» в русской ономастике неоднозначен. Самая вероятная версия связывает его с каноническим крестильным именем Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»). В бытовой речи имя Мануил сокращали до Маня, Маничка — так же, как Иван превращался в Ваню, а Павел в Пашу. Менее распространённая, но допустимая гипотеза — происхождение от прозвища Маничка, данного человеку с мягким, покладистым характером (от диалектного «маниться» — медлить, нежиться, или «манить» — привлекать). В некоторых говорах «маничкой» называли лакомку или того, кто часто просит подачку.

На письме фамилия может встречаться в мужском варианте Маничкин, но женская форма Маничкина — не склоняемая по роду, а исторически закреплённая за женщинами в документах (например, в метрических книгах XIX века). Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральным областям России, особенно к бывшим территориям Рязанской и Тамбовской губерний, где имя Мануил было популярно среди крестьян и мещан.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от полных форм имён (Мануилов), форма Маничкин сохранила уменьшительно-ласкательный оттенок. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был в своей среде не просто «сыном Мануила», а «сыном Манички» — возможно, младшим в семье или человеком, к которому обращались по домашнему, неофициальному имени. Такие фамилии редко встречаются у дворянства и чаще фиксируются у крестьян и городских обывателей, где личное прозвище было важнее родословной.