Фамилия Манычкин образована от прозвища или имени Манычка. В основе лежит краткая форма одного из крестильных имён — скорее всего, Мануил (древнееврейское «с нами Бог») или, реже, Мамант (греческое «сосущий грудь»). В русской народной традиции эти длинные имена часто усекали до двух-трёх слогов: Мануил превращался в Маню, Манюшу, Маныча, а от Маманта оставался Маня, Маныч. Суффикс -к- в форме Манычка указывает на ласкательное или уменьшительное значение: так в семье могли звать мальчика, а потом это домашнее имя закрепилось за ним как основное и перешло к детям.

Есть и другая, более прозаическая версия. В южнорусских и украинских говорах «маныч» — это обманщик, хитрец, тот, кто манит (от глагола «манить»). Прозвище могли дать человеку с уклончивым характером или, наоборот, тому, кто умел уговаривать, склонять к своей выгоде. В этом случае фамилия Манычкин — отчество от прозвища Манычка, то есть «сын Манычки». Обе версии равноправны, и без точного знания истории конкретной семьи выбрать одну невозможно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манычкин — «чей?» — сын Манычки. Эта модель образования фамилий (от основ на -а, -я) типична для северных и центральных областей России. По сословной принадлежности фамилия не даёт подсказки: Манычкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством, поскольку уменьшительные формы имён встречались во всех слоях.

Фамилия редкая, в исторических документах почти не встречается. В современных адресных справочниках её носители рассеяны по разным регионам — от центральной России до Сибири, но нигде не образуют заметных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия возникла сравнительно поздно, возможно, в XVIII–XIX веках, и не успела широко распространиться.