Фамилия Маныч — редкий случай, когда географическая основа почти не вызывает споров. Всё упирается в реку Маныч, протекающую по Ставрополью и Ростовской области, а также в систему солёных озёр и рек Кумо-Манычской впадины: Маныч-Гудило, Западный и Восточный Маныч. Скорее всего, топоним восходит к тюркскому «манач» — «горький». Объяснение вполне оправдано: в бассейнах этих рек лежат обширные солончаки, вода там действительно горько-солёная. Значит, предок человека с фамилией Маныч либо жил на берегу этой реки, либо получил прозвище по её названию — распространённый приём в русской ономастике, когда человека называли по месту жительства.

Но есть и вторая версия, менее привязанная к карте. Фамилию могли образовать от прозвища Маныш, а в его основе — тюркское слово «маныш» (быстрый, торопливый). В этом случае прозвище дали человеку с живым, порывистым характером. Обе гипотезы тюркские, и обе возможны, но первая выглядит весомее: фамилия Маныч встречается именно в южных регионах — там, где протекает сама река, а не в Поволжье или Сибири, куда могли бы мигрировать носители прозвища Маныш.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В ней нет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), который прикреплялся бы к основе. Маныч — это чистая основа, застывшая в форме притяжательного прилагательного или прямого прозвища. Такая модель редка для русских фамилий, но встречается у донских казаков и в среде, где сильны тюркские влияния. Иногда фамилию путают с отчествами на -ич, но здесь не отчество: Маныч не сын Маны, а человек, связанный с Манычем.