Фамилия Манычева — женская форма фамилии Манычев, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Маныч. Основа здесь — тюркское слово «маныч», которое в разных диалектах означало «клеймо», «тавро» или «отметина». В степных регионах, где скотоводство было основным занятием, так могли называть человека, который ставил метки на скот, или того, у кого была заметная примета на лице или теле — родимое пятно, шрам. В русских говорах слово закрепилось в значении «знак», «пометка», а иногда и «метис» (помесь животных), но последнее значение — более позднее и локальное.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Манычев буквально означает «сын Маныча» или «человек из рода Маныча». Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён. Интересно, что фамилия Манычев встречается в основном в южнорусских и поволжских регионах — в Ростовской, Волгоградской областях, в Ставрополье и Калмыкии. Это не случайно: гидроним Маныч (река, протекающая по этим землям) тоже имеет тюркские корни, и часть носителей фамилии могли получить её по названию местности, а не по прозвищу. Спор между «речной» и «прозвищной» версиями неразрешим без генеалогии конкретной семьи, но ономасты чаще склоняются к прозвищному происхождению, поскольку фамилии от гидронимов обычно оформляются суффиксом -ский (Манычский), а не -ев.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» есть указание на основу «маныч» как на тюркское заимствование, но без развёрнутой статьи — фамилия нечастотная. В списках однокоренных фамилий — Маныч, Маныченко, Манычкин. Последняя особенно показательна: суффикс -к- указывает на уменьшительную форму, то есть Манычка — ласковое или бытовое обращение к человеку с прозвищем Маныч. Это косвенно подтверждает, что в основе лежало именно личное прозвище, а не географическое название.

Сословно фамилия Манычева не привязана к дворянству или духовенству — в дореволюционных источниках она встречается у казаков, крестьян и мещан. В ревизских сказках XIX века по Астраханской и Саратовской губерниям записаны несколько семей Манычевых, занимавшихся рыболовством и скотоводством. Никаких громких исторических деятелей с этой фамилией не известно, что для рядовой русской фамилии скорее норма, чем исключение.