Фамилия Махнычева — женская форма фамилии Махнычев, и её разбор нужно начинать с мужского варианта, поскольку именно он хранит ключ к происхождению. В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Махныч. Это типичная восточнославянская модель образования фамилий с помощью патронимического суффикса -ев: Махныч → сын Махныча → Махнычев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (в данном случае «ч»).

Само имя Махныч — уменьшительно-уничижительная форма от крестильного имени Максим (в народном произношении — Максим, Максимка, Максимец). В русских говорах было распространено стяжение и упрощение: Максим → Махно → Махныч. Суффикс -ыч здесь играет двоякую роль: с одной стороны, он мог указывать на сына Махны (как в отчествах), с другой — в прозвищах он часто придавал оттенок принадлежности или характерности («тот, кто относится к Махне»). Таким образом, первый носитель фамилии Махнычев — это, скорее всего, человек, которого в деревне знали как «Махныча», то есть сына или потомка некоего Махны (Махно).

Интересна региональная привязка. Фамилии с основой «Махн-» особенно характерны для южнорусских и украинских земель. Известное украинское прозвище Махно (от того же Максима) стало фамилией знаменитого анархиста Нестора Махно. Однако форма Махнычев с суффиксом -ыч тяготеет к северным и центральным великорусским говорам, где такие патронимы (Петрович, Кузьмич) переходили в фамилии. Это говорит о том, что предки Махнычевых могли быть выходцами из зоны контакта украинского и русского населения — например, из Слобожанщины или южных уездов России, где украинское прозвище «Махно» обрусело и получило русский суффикс -ыч.

Версия о связи с глаголом «махать» (через прозвище Мах — «размашистый человек») менее правдоподобна: суффикс -ныч нехарактерен для отглагольных образований, и фамилия тогда звучала бы иначе (Махов, Махаев). А вот вариант от тюркского имени Махныч (гипотетически) не подтверждается ономастическими справочниками — основа явно славянская.