Фамилия Манычкина — женская форма от Манычкин, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу указывает на способ образования. Суффикс -ин (в женском варианте -ина) в русских фамилиях означает принадлежность: «чей?» — Манычкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Манычка. Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда отчества на -ин закреплялись за семьями.

Основа — Манычка — это уменьшительно-ласкательная форма от мужского имени Мануил или Еммануил. В просторечии эти библейские имена, означающие «с нами Бог», часто редуцировались: отсекали начало или середину, получая Маныло, Маня, а затем и Манычка. Такое «обрубание» имён — обычное дело для русской ономастики: вспомните Прохор — Прошка, Иван — Ваня. Фамилия Манычкин, таким образом, восходит к крестильному имени, что делает её типичной для фамилий «из календаря».

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем от диалектного глагола «манычить» — манить, обманывать, привлекать. В некоторых говорах «маныч» — обманщик или тот, кто заманивает. Однако для этой версии нет устойчивой фиксации в ономастических словарях, и основной путь — от имени Мануил — выглядит надёжнее, так как подтверждается частотой фамилий с корнем Ман- (Манин, Мануйлов, Манылов).

Географически фамилия Манычкин и её женская форма встречаются в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Ростовской областях, а также на Украине. В дореволюционных переписях носители чаще всего были крестьянами или однодворцами — сословием, сочетавшим черты крестьян и мелких землевладельцев. Ударение в фамилии — на второй слог: Маны́чкина, что соответствует произношению исходного имени.

В целом, Манычкина — фамилия, которая прячет за бытовым звучанием церковное имя древнееврейского происхождения, прошедшее через народную обработку. Никакой драматической истории в ней нет, но именно такие фамилии — самый частый случай: родовое имя, образованное от имени предка, который когда-то был просто Манычкой.