Фамилия Мунишер — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями, а указывает на немецкое или еврейское (ашкеназское) влияние. В основе лежит немецкое слово «Münzer» или его диалектные варианты, означающее «монетчик» или «чеканщик монет». В средневековой Германии Münzer — это профессия: мастер, работавший на монетном дворе. Фамилия могла попасть в Российскую империю вместе с переселенцами-немцами или евреями, которые нередко получали фамилии по роду занятий на идише или немецком языке. Второй элемент «-шер» — это типичная фонетическая адаптация: немецкое «-er» (суффикс деятеля) при заимствовании в русский язык могло превратиться в «-шер» под влиянием произношения или записи в документах.

Словообразовательная модель здесь проста: основа — профессиональное прозвище, суффикс — нулевой, но с ассимиляцией на русской почве. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, Мунишер не имеет патронимического или топонимического окончания. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в том виде, в каком её записали в метрических книгах или ревизских сказках, чаще всего в западных губерниях — например, в Волынской, Подольской или Киевской, где были компактные поселения немецких колонистов и еврейские местечки. Встречается она и у потомков ремесленников-ювелиров или менял, но точную географию установить сложно из-за малочисленности.

Споров вокруг этимологии почти нет: альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркским корнем (например, «муниш» — «знающий»), маловероятна, так как тюркские фамилии обычно имеют другой суффиксальный строй и не заканчиваются на «-шер». Гораздо правдоподобнее, что Мунишер — это один из вариантов фамилии Мюнцер, которая известна по историческим личностям, например, по Томасу Мюнцеру, но в русской записи потеряла умлаут и упростилась. Таким образом, предки носителя фамилии Мунишер, скорее всего, были людьми, связанными с обработкой металла и деньгами: чеканщиками, мастерами монетного дела или ростовщиками.