Фамилия Мунишка — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русском языке она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусские корни или на очень старую, усечённую форму прозвища.

Скорее всего, основа фамилии — диалектное или иноязычное слово. Наиболее правдоподобная версия ведёт к литовскому или польскому языкам. В литовском muniškas означает «монашеский», а muniški — «монахи». Фамилия Мунишка могла быть прозвищем человека, связанного с монастырём: служителя, приживала, или же того, кто вёл аскетичный, замкнутый образ жизни, за что его и прозвали «монахом». В польском есть слово mniszek (монах), и фамилия могла возникнуть как его вариант или искажение через устную речь. Суффикс -ишка в таком случае — не русский уменьшительный (как в «домишко»), а результат адаптации литовского окончания к славянскому звучанию.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия образована от прозвища Муниш, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому мун (печаль, скорбь) или мунша (писарь, переписчик). Но для фамилии с таким окончанием (-ишка, а не -ов) эта гипотеза слаба: тюркские основы в русском языке обычно обрастали суффиксами -ов/-ев, а не давали форму на -ишка.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи — Беларуси, Литве, западной Украине. Встречается она и в Польше (в форме Mniszka). В русских переписных книгах XVII века она не фиксируется, что подтверждает её позднее вхождение в русский обиход — вероятно, после разделов Речи Посполитой.

Словообразовательный разбор прост: корень муниш- и окончание -а. Фамилия склоняется как существительное женского рода (вне зависимости от пола носителя): «Иван Мунишка», «у Петра Мунишки». Это типично для фамилий польско-литовского происхождения, которые не меняли окончания при переносе в русскую среду.

Известных носителей с такой фамилией в истории не прослеживается — это говорит о её локальном, возможно, крестьянском или мещанском бытовании. Фамилия не дворянская, не купеческая, а скорее всего, прозвищная, закрепившаяся за одной семьёй в конкретной местности.