Фамилия Муницына — женская форма, а её мужской вариант — Муницын. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, которые образованы от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Иван → Иванов, но Кузьма → Кузьмин), здесь основа, скорее всего, связана не с личным именем, а с редким прозвищем или профессиональным термином.

Самая вероятная версия происхождения — от слова «муница». В диалектах русского языка, особенно в северных и сибирских говорах, муницей называли мелкую монету, деньгу, а иногда и вообще любую мелочь. Прозвище Муница могли дать человеку прижимистому, скрупулёзно считающему каждую копейку, или, наоборот, тому, кто торговал мелочным товаром — коробейнику, разносчику. В таком случае фамилия Муницын — это «сын Муницы», то есть потомок человека с таким прозвищем. Суффикс -ин здесь стандартный, указывающий на принадлежность.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков есть слово «мун» или «муны» со значением «печаль», «горе», «обида». Прозвище Муница могло закрепиться за человеком угрюмым, постоянно жалующимся на судьбу. Однако эта гипотеза слабее: фамилия не характерна для регионов с сильным тюркским влиянием, и её ареал (если судить по современным носителям) — преимущественно центральная Россия и Поволжье, где диалектное слово «муница» было в ходу.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных источниках она не встречается в дворянских родословных книгах, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки носителей фамилии были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по прозвищу главы семьи при переписях XVIII–XIX веков. Особенность написания — с буквой «ы» в окончании (Муницын, а не Муницин) — закрепилась в русской орфографии как указание на твёрдое произношение корня: Му́ница, а не Муни́ца.

Таким образом, фамилия Муницына ведёт начало от бытового прозвища, связанного либо с деньгами и торговлей, либо с характером человека. Это редкий пример, когда за фамилией стоит не имя святого или географическое название, а живое слово народной речи, вышедшее из активного употребления.