Фамилия Муньос — одна из тех, что выдают в своем носителе испанские или португальские корни, причем почти наверняка испанские. В русском языке она звучит экзотично, но её внутренняя форма проста и прозрачна для романской ономастики. Муньос — это патроним, то есть фамилия, образованная от личного имени предка. Основа здесь — Muño, древнеиспанская форма имени, соответствующая современному имени Муньо (Muño). Суффикс -ez (в португальском варианте -es) указывает на принадлежность: «сын такого-то». Таким образом, Муньос буквально значит «сын Муньо».

Имя Муньо, в свою очередь, восходит к латинскому имени Munius или к его германскому аналогу — Munno, которое могло означать «защита» или «покровительство». В средневековой Испании это имя было широко распространено, особенно в северных регионах — в Кастилии и Леоне. Там же, в этих королевствах, и сложилась модель образования фамилий на -ez, ставшая классической для испанской антропонимии (сравните: Гонсалес, Фернандес, Родригес). Муньос — один из самых ранних примеров такой модели: уже в X–XI веках в документах встречаются записи о людях с этим патронимом.

В отличие от многих русских фамилий, которые могли закрепиться за крестьянами лишь в XIX веке, Муньос — фамилия древняя и аристократическая по происхождению. Её носители фигурируют в хрониках среди знати и рыцарства. Например, род Муньос из Кастилии известен с XII века, а одна из ветвей дала начало графам де Муньос. При этом в Испании фамилия не редкая: по статистике, она входит в сотню самых распространённых, хотя и уступает по частоте таким гигантам, как Гарсия или Мартинес.

В русскоязычной среде фамилия Муньос встречается почти исключительно у потомков испанских эмигрантов, в том числе у детей и внуков республиканцев, бежавших из Испании после Гражданской войны 1936–1939 годов. Советский Союз принял тогда тысячи испанских детей, многие из которых выросли и остались в России. Поэтому для русского уха Муньос — не просто экзотика, а живая память о драматической истории XX века. Искать однокоренные русские фамилии к ней бессмысленно: это чужеродное образование, которое не вписалось в славянскую суффиксальную систему.