Фамилия Мупина — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую попытку найти славянский корень. Если сразу посмотреть на суффикс, то -ин указывает на принадлежность: Мупин — «чей?» — человек из рода Мупы. Но вот основа «муп» в русских говорах не встречается ни как прозвище, ни как профессия, ни как имя. Ни в словаре Даля, ни в ономастических сводах Веселовского или Никонова нет слова «мупа» или «муп». Это сразу наводит на мысль, что фамилия не великорусская, а заимствованная.

Скорее всего, фамилия Мупина имеет тюркское или кавказское происхождение. В некоторых тюркских языках корень «муп» мог означать нечто связанное с глупостью, наивностью или, наоборот, с мягкостью характера — по аналогии с диалектными формами. Но гораздо более вероятна версия, что фамилия восходит к арабскому имени Мубин (ясный, очевидный) или к его диалектным вариантам. При переходе в русскую среду через метрики или перепись имя Мубин могло превратиться в Мупа, а затем получить стандартный русский суффикс -ин. Таким образом, Мупина — это русифицированная форма, которая закрепилась за потомками человека по имени Мубин или Мупа.

Другая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — это связь с топонимом. В Башкортостане и Татарстане есть несколько мелких речек и урочищ с названием, близким к «Мупа». Фамилия могла возникнуть у переселенцев, которые получили прозвище по месту выхода: «Мупин» — выходец с реки Мупы. В таком случае фамилия — чисто географическая, без личного имени в основе.

Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, сосредоточены в Поволжье или на Урале — в регионах, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Сословная принадлежность предков могла быть любой: от крестьян до мелких служилых людей, но точных данных об этом нет. Фамилия не попала в списки дворянских родов и не фигурирует в дореволюционных справочниках, что подтверждает её крестьянское или мещанское происхождение.