Фамилия Муркуленкова — редкий пример, в котором женская форма закрепилась в качестве основной, хотя по правилам русской ономастики она является производной от мужской — Муркуленков. Исходная мужская фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ов, который в русском языке означает принадлежность: «сын Муркуленка» или «потомок Муркуленка». Но на этом простота заканчивается: основа «Муркуленк» не имеет прямых аналогов в современном русском языке, что заставляет искать её в диалектах, прозвищах или заимствованиях.

Корень «Муркул-» с большой вероятностью связан с глаголом «мурлыкать» или существительным «мурлыка» — так в народе называли кота, а также ласкового, ворчливого или напевного человека. В говорах слово «муркул» могло означать того, кто постоянно мурлычет себе под нос, — прозвище по характерной привычке. Уменьшительно-ласкательный суффикс -енк- (Муркуленок) типичен для малороссийских и южнорусских говоров: он указывал на молодого человека или сына (ср. казаченок, бондаренок). Таким образом, Муркуленок — это «сын Муркула» или «маленький Муркул», а фамилия Муркуленков — «из рода Муркуленка».

Менее вероятна, но всё же возможна версия от имени Муркул как варианта крестильного имени Меркул (от римского Меркурий). В народной среде имя Меркул сокращали до Муркул, а затем добавляли уменьшительный суффикс. Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилии на -енков чаще образуются от прозвищ, а не от канонических имён. К тому же форма Муркуленкова, а не Меркуленкова, указывает на живую устную традицию, где звук «е» перешёл в «у» под влиянием аканья или простонародного произношения.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где суффикс -енко был основным при образовании фамилий, а затем при русификации добавлялось -в. Носители фамилии Муркуленковы, скорее всего, были крестьянами или казаками: прозвище по бытовой черте характера — типичный путь возникновения фамилии в среде, где не было наследственных дворянских родов. В документах фамилия не встречается в боярских списках или родословных книгах, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Особенность написания с окончанием -а (Муркуленкова) может сбивать с толку: это не отдельная фамилия, а вариант, закрепившийся за женщиной в документах (например, при выдаче паспорта или в сельсовете). В современной России такие формы иногда становятся наследственными, если в семье не было мужчин-носителей мужского варианта. Так что для обладательницы фамилии Муркуленкова её предок почти наверняка был Муркуленковым, а ещё раньше — просто Муркуленком, человеком с прозвищем «муркул» — ворчливым или ласковым говорунком.