Фамилия Мурыханов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов-/-ев-, который чаще всего присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Здесь суффикс -анов, что указывает на основу, заканчивающуюся на -а: Мурыхан. Такая модель характерна для фамилий, образованных от тюркских имён или прозвищ, где -ан — уменьшительный или ласкательный аффикс.

Самая вероятная версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Муры (Муру). У тюркских народов «муру» могло означать «нос», «клюв», а в переносном смысле — «острый», «проницательный» или «задиристый». Форма Мурыхан — это соединение корня Муры с тюркским компонентом -хан («владыка», «господин»). Такие составные имена (например, Айхан, Тимурхан) были распространены у татар, башкир, казахов. Имя Мурыхан могло даваться либо как пожелание ребёнку стать «острым умом», либо как прозвище за характер.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «мурыжить» (тянуть время, мучить, надоедать) или «мурыга» (неповоротливый человек). Но в таком случае фамилия звучала бы как Мурыгин или Мурыжкин. Суффикс -ханов указывает скорее на восточное происхождение, чем на чисто русское прозвище.

Географически фамилия Мурыханов встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически жили татары и башкиры. Носители фамилии, скорее всего, происходят из тюркской среды, принявшей православие, или из крещёных татар (кряшенов). В документах XIX века такая фамилия могла фиксироваться у крестьян или мещан, но сословная привязка не прослеживается.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мурыгин, Мурышев, Муратов. У всех разная основа, но Мурыханов стоит особняком из-за редкого суффикса -ханов, который в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на тюркское имя-прозвище.