Фамилия Мусаханян — яркий представитель армянских фамилий, образованных по модели «личное имя + патронимический суффикс». Её основа — мужское имя Мусахан, которое в тюрко-армянской среде сложилось из двух компонентов: «Муса» (арабская форма библейского имени Моисей, почитаемого и в исламе, и в христианстве) и «хан» (тюркский титул, означающий «владыка», «правитель», но в составе имён часто выступающий как почтительная частица, не указывающая на реальный титул). Таким образом, Мусахан — это «господин Муса» или «Моисей-повелитель». К имени присоединён армянский суффикс -ян (в диалектах и старой орфографии — -янц), который заменяет русское «-ов/-ев» и означает «принадлежащий к роду кого-то». То есть Мусаханян — «из рода Мусахана», потомок человека с таким именем.

В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках, армянские фамилии с суффиксом -ян массово оформлялись позже, в XIX — начале XX века, особенно после реформ в Российской империи, когда армянам предписывалось иметь наследственные фамилии. До этого часто использовали отчества или прозвища по отцу. Поэтому Мусаханян — фамилия сравнительно поздняя, но её корень уходит в традицию давать детям составные имена, соединявшие священные для разных культур элементы.

Географически фамилия Мусаханян распространена в Армении, а также среди армянской диаспоры — в России, Грузии, Иране и странах Запада. В Армении фамилии на -ян встречаются повсеместно, но окончание -анян (как здесь: Мусахан-ян, а не Мусахан-ян) — не ошибка, а результат стяжения: основа на -ан даёт двойное повторение суффикса, которое в произношении упростилось. Носители фамилии могли происходить из регионов исторической Западной Армении (ныне восток Турции) или из Нахичевани, где были распространены тюрко-армянские контакты.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Мусахан, суффикс -ян. Вариантов написания, кроме Мусаханян и возможного устаревшего Мусаханянц, практически нет. В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода (Мусаханяна, Мусаханяну) и не склоняется в женском варианте. Социальный статус предков определить сложно: имя Мусахан мог носить как крестьянин, так и ремесленник или мелкий торговец — титульная частица «хан» в личных именах простолюдинов была обычной данью моде, а не признаком знатности.