Фамилия Мусацкая — женская форма, и её разумно рассматривать вместе с мужским вариантом Мусацкий. Оба варианта — типичная «географическая» модель, образованная с помощью суффикса -ск-/-цк-, который в русской ономастике указывает на связь с местностью. Носители таких фамилий — потомки людей, владевших землёй, служивших при ней или просто происходивших из определённого села или города.

Корень «Мусац-» скорее всего восходит к топониму. На карте Восточной Европы есть несколько подходящих названий: деревни Мусатово (в России и Беларуси), Мусаты (в Молдове), а также польские и украинские села с основой «Мус-». Сама основа, в свою очередь, может быть производной от уменьшительной формы имени Муса — арабского имени, означающего «Моисей». В таком случае Мусацкий — это «тот, кто из села Мусатово» или «потомок Мусы». Менее вероятно, но возможно: фамилия могла возникнуть от прозвища Муса, данного человеку с восточными чертами или по какой-то иной внешней ассоциации.

Словообразовательная модель типична для польской и западнорусской шляхты: суффикс -ский/-цкий часто носил дворянский оттенок. Однако в XIX веке такие фамилии массово получали и крестьяне при переписях — по названию деревни, где жили. Поэтому Мусацкие могли быть как мелкими землевладельцами (например, в бывшем Великом княжестве Литовском), так и простыми крестьянами, которых записали по месту жительства.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: Украина, Беларусь, юго-запад России. Встречается и у еврейских семей, где топонимические фамилии на -ский тоже популярны. В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Мосацкая, что связано с аканьем или опиской. Разобрать точнее без генеалогического исследования сложно: слишком много возможных источников, но ясно одно — фамилия не случайна и привязана к конкретному месту, которое когда-то дало имя её первому носителю.