Фамилия Мусаинов образована от арабского имени Муса, которое соответствует библейскому Моисею. В исламской традиции пророк Муса — один из важнейших посланников, поэтому имя было широко распространено среди народов, принявших ислам. Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: так оформляли инородные имена у тюркских и кавказских народов, входивших в состав Российской империи. По сути, Мусаинов — это «сын Мусы», «потомок того, кого зовут Муса».

Интересная деталь — в фамилии сохранился арабский долгий гласный «у» (Муса), но при этом она получила чисто русское окончание. Такое сочетание характерно для фамилий татар, башкир, а также народов Северного Кавказа, особенно ингушей и чеченцев. В татарской среде фамилия Мусаинов может указывать на принадлежность к духовенству: имя Муса часто давали муллам и религиозным учителям. У народов Кавказа фамилия нередко говорит о происхождении из конкретного тейпа или рода, где имя Муса передавалось из поколения в поколение.

Встречаются и варианты написания: Мусаев, Мусаин, Мусанов. Но именно форма Мусаинов с двойным «и» — относительно редкая. Она могла возникнуть от отчества Мусаин (сын Мусы) в диалектах, где к имени добавляли частицу -ин, а затем уже русифицировали суффиксом -ов. Такой путь образования встречается у фамилий, чьи носители жили в зоне активного языкового контакта — например, в Поволжье или на Урале.

По сословной принадлежности предки Мусаиновых в большинстве были крестьянами или мещанами, но среди татарских купцов и мулл эта фамилия тоже фиксировалась. В дореволюционных метрических книгах Казанской и Уфимской губерний Мусаиновы нередко записаны как «служилые татары» — то есть несли военную или административную службу, но оставались мусульманами.