Фамилия Мусаинова — один из тех случаев, где не нужно гадать о происхождении: её основа ясна, а история укладывается в несколько предложений. Это женская форма фамилии Мусаин, которая, в свою очередь, образована от мужского имени Мусаин. Имя это — вариант арабского Муса (библейский Моисей) с тюркским притяжательным суффиксом -ин, буквально «принадлежащий Мусе» или «любимец Мусы». В исламской традиции пророк Муса почитается как один из величайших посланников, поэтому имя и его производные широко распространены у народов, принявших ислам.

Словообразовательная модель проста: к основе Мусаин добавили русский суффикс -ов (в женском варианте -ова), что типично для фамилий, возникших в среде татар, башкир, казахов и других тюркских народов Поволжья и Приуралья в XIX–XX веках. В метрических книгах и переписях того времени такие фамилии нередко записывали именно с русским окончанием, поскольку делопроизводство велось на русском языке. Поэтому Мусаинова — это не исконно русская, а русифицированная тюркская фамилия, закрепившаяся в форме, привычной для имперской бюрократии.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Мусаин (и Мусаинова) чаще всего происходят из крестьянских или мещанских семей, реже — из духовного сословия. В отличие от княжеских или боярских родов, эта фамилия не связана с землевладением или дворянскими грамотами. Её носителями были люди, чьи предки получили прозвище или имя по отцу: «сын Мусы» или «внук Мусы», — и это закрепилось в официальной записи.

Любопытная деталь: среди однокоренных фамилий встречаются Мусаев, Мусин, Мусанов. Мусаинова стоит особняком из-за редкого суффикса -ин в основе. Он указывает не просто на имя Муса, а на его уменьшительно-ласкательную или уважительную форму — Мусаин. Такая форма могла возникнуть в среде, где имя давали в честь деда или уважаемого старейшины, добавляя частицу «-ин» для подчёркивания принадлежности: «маленький Муса» или «тот, кто от Мусы». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные модели разбираются на примере татарских и башкирских фамилий, где суффикс -ин в основе — не редкость, а указание на диалектную или семейную традицию.

Географически фамилия Мусаинова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди казахов северных регионов Казахстана. Встретить её в центральной России или Сибири — скорее исключение, связанное с миграциями XX века.