Фамилия Мусеева — женская форма от Мусеев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы сразу понять, откуда пошло имя. В основе лежит мужское личное имя Муса — это арабская форма библейского Моисея, широко распространённая у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, чеченцев, ингушей, народов Дагестана, а также у азербайджанцев и многих других. Значение имени — «спасённый из воды», отсылка к истории пророка, которого нашли в корзине на Ниле. Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе Мусе- (фонетическое изменение имени Муса в русской передаче, где конечный гласный «а» перешёл в «е» перед суффиксом) добавили патронимический суффикс -ев. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Мусы» или, в женском варианте, «дочь / жена Мусы».

География фамилии плотно связана с регионами традиционного бытования ислама в России. Чаще всего Мусеевы встречаются в Татарстане, Башкортостане, в республиках Северного Кавказа (Чечня, Ингушетия, Дагестан), а также среди азербайджанской диаспоры. Встречается она и у народов Средней Азии, но в русской записи. Интересно, что фамилия могла возникнуть независимо в разных местах: в каждой местности был свой Муса, чьих потомков называли Мусеевыми. Поэтому носители фамилии не обязательно родственники по крови.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий, но с нерусской основой. Суффикс -ев, а не -ов, появился потому, что основа имени заканчивается на мягкий согласный (звук «с» в слове Мусе-). Если бы основа кончалась на твёрдый согласный или на -о/-а, был бы суффикс -ов, но здесь сработало правило русской орфографии: после мягких согласных и шипящих пишется -ев. Эта деталь — фонетическая адаптация имени Муса к русскому языку: в устной речи имя произносили как «Муса», но в притяжательной форме «Мусы» родительный падеж дал форму «Мусеев», а не «Мусаев» (хотя вариант Мусаев тоже существует и встречается чаще у народов Кавказа). Мусеев — более редкая, «обрусевшая» форма, которая закрепилась в письменности.

В сословном плане предки Мусеевых могли быть кем угодно: от крестьян до духовных лиц. Поскольку имя Муса — пророческое, его часто давали в семьях, где чтили религиозные традиции. В татарской и башкирской среде носители фамилии нередко были муллами, учителями при мечетях, но это не обязательно: имя было просто популярным. Никаких точных данных о древности фамилии нет — она могла появиться и в XIX веке при массовой фиксации фамилий у татар и башкир, и раньше, если род был знатным.

Если сравнивать с однокоренными, то Мусаев — более прямой и распространённый вариант, а Мусеев — результат того, что русские писцы «причесали» имя под привычное окончание. Встречается также фамилия Мусин — от того же имени, но с другим суффиксом (-ин), характерным для краткой притяжательной формы. Мусеева — не самая частая фамилия, но и не редкость; её носители живут в основном в Поволжье и на Кавказе.